​​​​​​​ایشان ضمن گذراندن دوره سطح 3 و 4 حوزوی وارد حوزه تدریس شده و از سال 1368 در مراکز علمی و دانشگاهی و حوزوی اشتغال به تدریس را ضرورت دانسته و در حوزه علمیه به تدریس خارج اصول، خارج فقه و فلسفه و کلام پرداختند.

دروس خارج فقه و اصول

1- تدریس خارج فقه مبحث اجتهاد و تقلید

2- تدریس خارج فقه مبحث ولایت فقیه

3- تدریس دوره کامل خارج اصول

دروس خارج تفسیر

1- شرح تفسیر ملاصدرا

2- تفسیر موضوعی

دروس علوم عقلی (فلسفه و کلام)

1- شرح المشاعر - اصالت وجود و اعتباریت ماهیت

2- تدریس کتاب المظاهر الالهیة فی اسرار العلوم الکمالیة

​​​​​​​3- تدریس فلسفه و کلام

4- تدریس کتاب شرح تجرید(از کتابهای کلامی شیعه مجتمل بر مباحث فلسفی وکلامی در عقائد امامیه اثر علامه حلی ره)

5- تدریس کتاب نهایۀ‌الحکمه(از کتابهای روش شناسی،منطق و فلسفه و عرفان اسلامی است که تالیف علامه طباطبایی بوده است)

6- تدریس کتاب حکمت منظومه(شرح منظومه ی حکیم ملا هادی سبزواری از آثار برجسته در میراث فلسفه و حکمت اسلامی)

7- تدریس کتاب حکمت الاشراق(اثر شهاب الدین سهروردی،در برگیرنده مسائل ذوقی و فلسفه اشراق است که بنیان گذار فلسفه اشراقی شد)

8- تدریس کتاب شواهد الربوبیه(کتابی در فسلفه و حکمت اسلامی،اثر حکیم و فیلسوف شیعه:صدر الدین محمد بین ابراهیم شیرازی معروف به ملا صدرا)

9- تدریس کتاب الاشارات(الاشارات والتنبیهات،از مشهورترین کتابهای منطقی و فلسفی شیخ الرئیس ابوعلی سینا)

10- تدریس کتاب اسفار مشهور ترین تقریر از اسفار اربعه،اثر ملا صدرا که بنابر آثار وتعلیمات عارفان تنظیم شده)

11- تدریس کتاب تمهید القواعد(این کتاب به عنوان یکی از منابع مهم در عرفان نظری می باشد)

​​​​​​​گذراندن دوران مقدماتی و سطوح عالی نزد اساتیدی چون آیت‌الله اعتمادی، آیت‌الله محقق داماد و آیت‌الله صالحی مازندرانی

​​​​​​​فقه واصول نزد حضرات آیات، آیت‌الله العظمی وحید خراسانی، آیت‌الله العظمی شیخ جواد تبریزی، آیت‌الله العظمی فاضل لنکرانی
دوره تفسیر ، فلسفه و عرفان در نزد پدر بزرگوارشان حضرت‌آیت‌الله العظمی جوادی‌آملی
کتاب الاشارات و القبسات و حکمۀ الاشراق و سایر مباحث فلسفی به طور اختصاصی نزد پدر بزرگوارشان حضرت‌آیت‌الله العظمی جوادی‌آملی

استاد، تحصیلات دوره دبیرستان و دانشگاه را تا مقطع کارشناسی نیز ادامه داده و سال 1365 مدرک لیسانس علوم قضایی را دریافت کردند

​​​​​​​
استاد مقالات پژوهشی فراوانی در مجلات داخلی و بین المللی منتشر کرده اند. از جمله مقالات پژوهشی می توان به دوره تقریرات درس اشارات حضرت آیت الله جوادی آملی، مقاله عرفانی توفیقیه اسماء، مقاله حکومت صالحان، و مبانی حکومت اسلامی- مبانی عرفان اسلامی به قلم ایشان اشاره کرد.

همچنین آثار تالیفی استاد عبارت است از:

​​​​​​​1. سیاست متعالیه از منظر حکمت متعالیه / ناشر دفتر تبلیغات اسلامی)
2. فلسفه زیارت / ناشر موسسه نشر اسرا
3. شرح تفسیر ملا صدرا (بزودی)

4. شرح ادبیات عرفانی حضرت امام خمینی (بزودی)

5. فلسفه تفسیر (بزودی)​​​​​​​

​​​​​​​استاد مرتضی‌جوادی آملی در سه دهه قبل ضمن فعالیتهای مذکور در مراکز علمی و پژوهشی ضمن قبول مسئولیتها مراکزی را نیز مدیریت کرده که بعضاً عبارتند از:

1- موسس و ریاست بنیاد بین المللی علوم وحیانی اسراء

2- عضو هیئت مدیره و رئیس موسسه آموزش عالی حوزوی اسرا - قم

3- رئیس مدرسه علمیه امام حسن عسکری علیه السلام - آمل

4- موسس و رئیس موسسه فرهنگی تحقیقاتی اسراء

5- موسس و رئیس پژوهشکده علوم وحیانی معارج

5- عضو مؤسس مجمع عالی حکمت اسلامی از زمان تأسیس

6- عضو کمیسیون حوزوی شورای عالی انقلاب فرهنگی

7- عضو هیئت امناء دانشگاه آزاد - قم

8- مدیر مرکز نشر اِسراء

9- صاحب امتیاز و مدیر مسئول مجله تخصصی حکمت اسراء

10- عضو انجمن مفاخر فرهنگی

​​​​​​​سفر به واتیکان

مرتضی جوادی آملی در سال 1395 به همراه هیئتی متشکل از اساتید شاخص حوزه و دانشگاه به واتیکان عزیمت نموده و در دهمین دور از سلسله نشست «گفتگوهای دینی میان ایران و واتیکان» شرکت کرد.

ایشان در کشورهای آلمان، انگلیس، روسیه، بلاروس، چین، ژاپن، رومانی، یونان، اندونزی، مالزی، آفریقای جنوبی و کشورهای عربی (بحرین، قطر، امارات، عمان) حضور یافته و در مجالس مختلف ضمن سخنرانی به پرسشها و شبهات پاسخ داده است.

استاد مرتضی‌جوادی‌آملی‌ همچنین با حضور در نشستهای علمی و کنگره های بین‌المللی ضمن ارائه مقالات به سخنرانی و توضیح مقالات خود نیز می‌پردازند.
ایشان در کنگره بین‌المللی ملاصدرا و جهان عرب در کیش در  سال 1379  و همچنین نشستهای سالانه آن کنگره در تهران ضمن ارائه مقالات علمی به نام های «اسفار اربعه در فلسفه و عرفان» و ... از سخنرانان این کنگره عظیم بودند.